Entendendo a Doença com Tabula Muris - O Banco de Dados de Fonte Aberta via Chan Zuckerberg Biohub

Neste novo artigo da Open Science, exploramos um Banco de Dados de Código Aberto chamado Tabula Muris e como ele pode contribuir significativamente no processo de compreensão da doença para sua prevenção ou cura.

Mas antes de fazermos isso, gostaríamos de apresentar em breve a Iniciativa Chan Zuckerberg de Priscilla Chan e seu marido Mark Zuckerberg, que já conhecemos como fundador e CEO do Facebook.

A iniciativa foi fundada em 1º de dezembro de 2015, com foco no apoio à Ciência por meio de pesquisa biomédica básica e educação por meio do aprendizado personalizado. Tem uma dotação de 99% das ações do Facebook, prometidas em US $ 45 bilhões.

O vídeo a seguir descreve sua jornada até agora:

O biohub de Chan Zuckerberg, registrado como “CZ Biohub”, é uma parte desta iniciativa que opera separada. Pesquisadores da Universidade de Stanford, Chanhuckerberg Biohub, VA Palo Alto Healthcare System e da Universidade da Califórnia formaram uma equipe juntos e criaram um abrangente banco de dados Open Source de células de ratos e o chamaram de Tabula Muris, que significa "Mouse Atlas".

O Biohub realiza pesquisas seguindo estes ideais simples:

  • Ajudar a resolver grandes problemas de saúde, encontrando e apoiando os melhores e mais brilhantes biólogos, cientistas, engenheiros e tecnólogos.
  • Uma cultura que enfatiza a liberdade intelectual e a colaboração.
  • Fornecendo sua equipe com as melhores ferramentas científicas.
  • Inventando as ferramentas científicas certas quando elas não estão disponíveis.

Por que esse novo banco de dados de código aberto é tão significativo para entender a doença?

Por trás de toda medida preventiva ou cura, está o quão bem uma doença é entendida para tratá-la ou tratá-la.

Antes de conhecermos o conteúdo deste banco de dados, é importante saber o que é um modelo de mouse. Um modelo de ratinho é extremamente útil porque, genética e genomicamente, o humano e o ratinho são muito semelhantes, sendo muitos dos genes relacionados com a doença quase idênticos. Então, se você descobrir uma cura para uma doença do mouse, um novo caminho se abre e há uma grande chance de que você possa trabalhar com o mesmo método para tratar uma condição humana semelhante.

Portanto, fica claro por que um banco de dados de código aberto, como o Tabula Muris, pode contribuir muito para o uso e o fortalecimento efetivo desse modelo de mouse.

DOI: 10.1038 / s41586-018-0590-4

O banco de dados consiste em ~ 15 GB de Open Source Datasets disponíveis no Figshare, que é uma plataforma aberta para compartilhamento de dados de pesquisa. Código e anotações estão disponíveis no GitHub.

Este "Atlas de Camundongo" consiste em dados transcriptômicos unicelulares do organismo modelo Mus musculus (o nome científico para camundongo) compreende mais de 100.000 células de 20 órgãos e tecidos.

O Tabula Muris, embora não tenha sido exaustivo em seu estágio atual, estabeleceu uma base sólida para estudos futuros em diversas disciplinas fisiológicas.

Se examinarmos brevemente algumas conclusões de pesquisas anteriores baseadas em modelos de ratos para combater doenças, seria mais fácil entendermos por que o banco de dados pode ser tão útil no estudo de todas elas.

Pesquisa sobre Doenças Baseadas no Modelo do Rato

Doença de Alzheimer

O artigo concluiu que há vários modelos de camundongos sendo usados ​​em estudos pré-clínicos e, embora constituam uma ferramenta valiosa tanto para testar novos medicamentos quanto para decifrar a fisiopatologia da Doença de Alzheimer, eles devem ser melhorados para permitir uma melhor extrapolação dos resultados gerados. a clínica.

DOI: 10.3233 / jad-170045

Diabetes

Em seu último parágrafo, o estudo concluiu sua discussão sobre modelos eficazes de camundongos para entender o diabetes e a doença renal relacionada à obesidade e desenvolver novas estratégias de diagnóstico e tratamento. Diabetes, obesidade e doenças renais estão todos interligados.

DOI: 10.1371 / journal.pone.0162131

Insuficiência cardíaca

A conclusão deste artigo enfatiza que modificações relativamente simples no desenho experimental de modelos animais de insuficiência cardíaca têm o potencial de permitir um maior entendimento da complexidade da síndrome de insuficiência cardíaca clínica que pode levar a avanços clínicos usando tecnologias atualmente disponíveis.

DOI: 10.1242 / dmm.005017

Câncer

Este último artigo mostra a importância de uma Iniciativa de Ciência Aberta como o Biohub. Ele fala sobre a equipe multi-qualificada composta por biólogos, patologistas e clínicos, bem como especialistas em engenharia de tecidos e medicina regenerativa, biologia de sistemas, biomateriais, biomédica, farmacologia, engenharia, física, ciências dos materiais e bioinformática unindo forças para melhorar a pré-clínica design de modelo de mouse, que é muito semelhante à visão por trás de como Tabula Muris foi feito.

DOI: 10.1016 / j.tibtech.2017.12.001

Passando por todas essas conclusões e referindo-se ao banco de dados no Figshare, pode-se relacionar a sua importância como uma nova plataforma para estudantes e pesquisadores se basearem na melhoria do modelo do mouse.

Resumo

Assim, neste artigo, discutimos brevemente Tabula Muris e também tentamos entender seu significado relacionando-o ao trabalho de pesquisa sobre doenças que são conduzidas pelo modelo do rato.

Por favor, compartilhe conosco na seção de comentários abaixo se você tiver algum comentário ou opinião sobre este novo 'Mouse Atlas'.

Recomendado

Qalculate! - A melhor aplicação de calculadora em todo o universo
2019
Conheça Nitrux: A Distribuição Linux Mais Bonita de Sempre?
2019
Coisas para fazer depois de instalar o openSUSE Leap 15
2019